Психиатрическая больница №1 была открыта в 1894 г. в здании, построенном архитектором Л.О. Васильевым на средства, собранные городским головой Н.А. Алексеевым. До революции больница носила его имя, в 1922 г. была названа в честь работавшего здесь П.П. Кащенко. Ныне ей возвращено историческое название.
Скорбященский храм в главном больничном корпусе был освящен 25 октября 1896 г епископом Можайским Тихоном (Никаноровым), впоследствии (9 января 1920 г.) принявшим мученическую кончину. Его настоятелем был назначен иерей Исмаил Павлович Лепарский, псаломщиком - Феодор Лукич Пальшков. В 1900 г. был освящен и второй больничный храм, в честь преп. Иоанна Рыльского, предназначенный для отпевания усопших. Оба храма в 1920-е годы были закрыты, их помещения использовались под различные больничные нужды.
Храм был вновь открыт в 1994 г. С этого времени и по сей день его настоятель - протоиерей Александр Церковников.
C 2019 года храмам при больнице усвоен статус приписных к храму Сошествия Святого Духа на Даниловском кладбище.